膠原蛋白肽的來源常見有陸地動物和水中魚類。不過隨著肽應用的逐漸深入，深海魚膠原蛋白肽更受歡迎。這是為何呢？
這是因為陸地動物，比如牛，擔心它有瘋牛病、口蹄疫和禽流感等高致病性傳染病的風險，而魚類分為人工養殖的淡水魚和深海魚。人工養殖的淡水魚，它生活的環境比較容易受到人類活動的影響，受到污染的風險系數也更高。而深海魚，比如金槍魚，幾乎不受到污染，因此提取出來的膠原蛋白更符合人們的需求，也就更受歡迎了。